Проблема не в том что он висит в автозапуске, а то что он там прописан с ключем -CU что скорее всего означает что-то типа checking updates
скорее всего удаление magentsetup вообще не нужно, так как этот же файл служит и для удаления программы с пк, без него выдаст ошибку и все придется удалять ручками, но по крайней мере его отсутствие не мешает работе агента и это дает дополнительное спокойствие в том что он не сделает пакость